Miejskie Zakłady Autobusowe Spółka z o.o. posiadają dwustopniową strukturę organizacyjną:

I – Zarząd
II – Cztery piony nadzorowane przez:

• Prezesa Zarządu
• Członka Zarządu ds. Finansowych
• Członka Zarządu ds. Operacyjnych
• Członka Zarządu ds. Nadzoru Ruchu

Oddziały Miejskich Zakładów Autobusowych

• R-1 „WORONICZA”
  Oddział Przewozów

• R-2 „KLESZCZOWA”
  Oddział Przewozów

• R-3 „OSTROBRAMSKA”
  Oddział Przewozów

• R-4 „STALOWA”
  Oddział Przewozów

• R-5 „REDUTOWA”
  Oddział Przewozów (działalność zawieszona)